İç ve Doğu Anadolu ile Karadeniz bölgeleri arasında bir geçit niteliği taşıyan Niksar, bu bölgeleri birbirine bağlayan yolların kavşak noktasında yer alır. Bu nedenle Tokat’ın ulaşım bağlantıları yönünden en önemli düğüm noktasını oluşturur.
Niksar, Yeşilırmak Vadisi’ni izleyerek güneybatıya yönelen yolla il merkezine bağlanır. Öte yandan Kelkit Vadisi’ni izleyerek güneydoğu yönünde uzanan bir yolla Reşadiye, Erzincan ve Erzurum üzerinden İran’a ulaşır. Niksar’dan batıya yönelen bir devlet yolu Erbaa ve Taşova üzerinden Samsun’a, kuzeye uzanan bir başka devlet yolu da Ünye’ye ulaşımı sağlar.
Niksar Tokat’a 60 km, Reşadiye’ye 57 km, Erbaa’ya 43 km, Ünye’ye ise 108 km uzaklıktadır.Çevre il ve ilçelere asfalt yollarla bağlıdır.